فراهمی زیستی دارو ۱۰۰% است. دونپزیل به خوبی از طریق دستگاه گوارش جذب می‌شود وحداکثر غلظت پلاسمایی آن ۴-۳ ساعت بعد از تجویز حاصل می‌شود. ۹۶% دونپزیل به پروتئین‌های پلاسما به خصوص آلبومین باند می‌شود. دونپزیل در کبد از طریق ایزوآنزیم‌های سیتوکروم P۴۵۰، ۳A۴ و ۲D۶ به چهار متابولیت اصلی متابولیزه می‌شود که دو متابولیت آن فعالند. غلظت ثابت پلاسمایی ۳ هفته پس از شروع درمان به دست می‌آید. دفع دارو و متابولیت‌های آن به طور غالب از طریق ادرار (۷۹%) و به مقدار کمتر (۲۱%) از طریق مدفوع صورت می‌گیرد. نیمه عمر دفع دونپزیل ۷۰ ساعت است.