ائوزین اغلب به عنوان یک رنگ آمیزی کنندهٔ متقابل یا counterstain در همراهی با هماتوکسیلین haematoxylin در جریان رنگ آمیزی هماتوکسیلین-ائوزین (haematoxylin و eosin) یا همان رنگ آمیزی H&E مورد استفاده قرار می‌گیرد. این نوع رنگ آمیزی یکی از شایع‌ترین روش‌ها یا تکنیک‌های رنگ آمیزی مورد استفاده در بافت‌شناسی است. در بافتی که با هماتوکسیلینhaematoxylin و ائوزین eosin آغشته شده باشد، سیتوپلاسم به رنگ صورتی نارنجی و هسته به صورت تیره رنگ، یا به رنگ آبی و یا بنفش نشان داده می‌شود. همچنین با رنگ آمیزی ائوزین، سلول‌های قرمز خون به رنگ شدیداً قرمز نشان داده می‌شوند. ائوزین یک رنگ اسیدی است و بخش اصلی یا اساسی هر سلول، یعنی سیتوپلاسم آن را نشان می‌دهد. گرچه هماتوکسیلین یک رنگ اولیه یا پایه‌ای است و در قسمت‌های اسیدی سلول مانند هسته، جاهایی را که اسیدهای نوکلئیک (دی ان ای DNA و آر ان ایRNA) در آنها متمرکز شده‌است را نشان می‌دهد.

در رنگ آمیزی، نوع ائوزین وای یا همان ý eosin، به طور معمول با غلظت ۱ تا ۵ درصد وزن مناسب در حجمی از آب یا اتانول محلول می‌گردد. [نیاز به ویرایش] ضمناً برای جلوگیری از رشد کپک در این محلول آبی، گاهی اوقات اندکی تیمول thymol نیز بدان اضافه می‌شود. غلظت بسیار پائین (نیم درصدی) از اسید استیک معمولاً رنگ قرمز عمیق تری در رنگ آمیزی به بافت می‌بخشد.