پلی میکسین B به لیپید Aدر LPS و همچنین به فسفولیپیدها متصل می شود،هرچند که ترجیحاً” به لیپید A متصل می شود.این آنتی بیوتیک، غشای خارجی باکتریهای گرم منفی را تخریب می کند.از آنجایی که غشای سلولی در باکتریهای گرم مثبت در معرض قرار نگرفته(کپسول دارند)،پلی میکسین فعالیت کمی علیه آنها دارد.این آنتی بیوتیک یک داروی سمی برای سلولهای انسانی است چون غشای سلولی یوکاریوتی را هم لیز می کند به همین دلیل،مصرف بالینی محدود و فقط موضعی دارد.